Mit der Fertigstellung des Bettenhauses des Universitätsklinikums 1984 erfolgte der Wiedereinzug der stationären und tagesklinischen Bereiche in das Klinische Viertel in der Liebigstraße. Weitere, ganz wesentliche Verbesserungen der Patientenversorgung konnten unter Matthias C. Angermeyer, seit 1995 Direktor und Ordinarius, umgesetzt werden und die Klinik erreichte den Standard vergleichbarer westdeutscher Einrichtungen: 1999 wurde die fakultativ offen oder geschlossen geführte Akutpsychiatrische Station (Psy 4, Liebigstr. 22b) eröffnet, und im Jahr 2000 wurden völlig neue Räume für die Tagesklinik und die Ambulanzen in der Johannisallee 20 in Betrieb genommen.
Unter Angermeyers Leitung entwickelte sich die Klinik zu einer national wie international renommierten Forschungseinrichtung für Public Mental Health. Wichtige Meilensteine waren dabei die Etablierung von C3-Professuren für Public Health und für Gesundheitsökonomie. Solcherart, an eine psychiatrische Klinik angeschlossene Lehrstühle existieren nur in Leipzig. Im Laufe weniger Jahre konnte sich so ein Zentrum für sozialwissenschaftliche Forschung etablieren, in dem Psychiater, Psychologen, Soziologen, Ökonomen, Gesundheitswissenschaftler, Kulturwissenschaftler, Medienwissenschaftler, Philologen und Historiker eng miteinander zusammenarbeiten. Der Schwerpunkt lag auf der Grundlagenforschung und weniger auf der angewandten Forschung. Angermeyer legte dabei großen Wert auf eine feste theoretische sozialwissenschaftliche Verankerung sowie auf ein hohes methodisches Niveau, wobei neben quantitativen auch qualitative Verfahren der Sozialforschung zur Anwendung kamen. Thematisch standen besonders die Epidemiologie, Forschungen über Einstellungen und Stigmatisierung, Lebensqualität, Angehörige, Versorgung und Gesundheitsökonomie im Mittelpunkt.
Angermeyer wurde 2006 emeritiert. Unter dem neuen Lehrstuhlinhaber und Direktor Ulrich Hegerl wird einerseits der sozialpsychiatrische Forschungsbereich durch mehrere Großprojekte (Kompetenznetz Depression, Suizidalität, Deutsches Bündnis gegen Depression, European Alliance Against Depression) erweitert. Andererseits wird ein neurobiologischer Forschungsbereich aufgebaut, u.a. mit Hirnfunktionsdiagnostik mittels EEG, kombiniert mit PET und fMRT und den klinischen Forschungsschwerpunkten im Bereich depressiver Erkrankungen, Zwangsstörungen und Alzheimer Demenz.