Carl Ludwig ist nicht nur der Architekt und Erbauer des Physiologischen Institutes, sondern auch die beherrschende Persönlichkeit unter den Physiologen in Leipzig gewesen. Darüber hinaus spielte er in der deutschen Physiologie des 19. Jahrunderts eine dominierende Rolle, die weltweit anerkannt wurde. Am 29. Dezember 1816 wurde er in Witzenhausen geboren. Nach dem Schulbesuch in Witzenhausen und Hanau studierte er in Marburg ab 1834 Medizin. 1840 promovierte er mit einer Arbeit über die Wirkung des Lebertrans. Bis 1841 arbeitete Ludwig im Labor von Robert Bunsen, der später an der Universität in Heidelberg eine bedeutende Rolle spielte. Durch Vermittlung von Ludwig Fick, dem älteren Bruder von Adolf Fick, erhielt er eine Anstellung als 2. Prosektor am Anatomischen Institut der Universität Marburg. Nachdem Ludwig Fick dieses Institut übernommen hatte, wurde er 1. Prosektor und 1846 Extraordinarius für Vergleichende Anatomie. Bereits 1842 war seine Habilitationsarbeit über den Verlauf der Blutgefäße in der Niere erschienen. In dieser Arbeit hat er die Funktion der Glomeruli als erster richtig erkannt und beschrieben. In diesem Jahr hat Ludwig auch seine kreislaufphysiologischen Experimente aufgenommen und methodisch an der Messung des Blutdrucks gearbeitet. 1846 hat er das Kymographion erfunden.
Durch diese Erfindung wurde Ludwig in breiten naturwissenschaftlichen Kreisen bekannt. Im Frühjahr 1847 besuchte er Johannes Müller in Berlin und lernte dort dessen Schüler Hermann Helmholtz, Ernst Brücke, Emil Du Bois-Reymond und Rudolf Virchow kennen. Außerdem besuchte er Volkmann in Halle sowie Fechner und die Brüder Weber in Leipzig.
1849 erhielt er einen Ruf auf den Lehrstuhl für Anatomie und Physiologie an der Universität Zürich. 1855 wurde er als Professor der Physiologie und Zoologie an die Medizinisch-Chirurgische Militärakademie (Josephinum) in Wien berufen. In Wien war Ernst Brücke seit 1849 am Physiologischen Institut der Universität tätig. Während seiner 10-jährigen Tätigkeit am "Josephinum" hat Carl Ludwig die Blutgaspumpe erfunden, die Grundvorgänge beim Austausch der Atemgase aufgeklärt, die Lymphbildung und -bewegung erforscht und das medulläre Vasomotorenzentrum entdeckt. Bereits in dieser Zeit hatte er sehr viele ausländische Schüler, vor allem aus Rußland.
1865 nahm er den Ruf an die Universität Leipzig an. Hier war er 30 Jahre lang, bis zu seinem Tode 1895, tätig. In Leipzig hat Carl Ludwig die Arbeiten über Kreislaufregulation und Atemgastransport fortgesetzt. Zum ersten Mal wurde Physiologie auf der Ebene der isolierten Organe systematisch betrieben. 1866 wurde das erste isolierte Froschherz entwickelt.
Auch Leber, Niere, Muskel und Lunge wurden isoliert und perfundiert. Es wurde außerdem eine Methode zur Messung des Blutflusses mit der "Stromuhr" entwickelt.
Ludwigs Mitarbeiter kamen aus der ganzen Welt. Man schätzt, dass Carl Ludwig etwa 250 bis 300 Schüler hatte. Als akademischer Lehrer erfüllte Carl Ludwig voll und ganz die Erwartungen, die Kultusminister Falkenstein in ihn gesetzt hatte. Die Zahl der immatrikulierten Studenten in Leipzig stieg ständig an. 1868 ließ Leipzig München hinter sich, in den Jahren 1872 bis 1878 übertraf Leipzig sogar Berlin in dieser Hinsicht. Ausländer, die in Deutschland studieren wollten, wählten mit Vorliebe Leipzig als ihren Studienort. Der Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig gehörten außer ihm viele hervorragende Männer an wie z. B. Ernst Heinrich Weber, Gustav Theodor Fechner, Wilhelm Wundt und Carl August Wunderlich, der das Programm der "physiologischen Medizin" entwickelte. Carl Ludwig starb am 23. April 1895 im Alter von 79 Jahren an den Folgen einer Bronchitis.
Das Besondere an Carl Ludwig war, dass er eine völlig neue Richtung der Physiologie konsequent verfolgt hat und ihr Repräsentant war. Dabei war er allerdings nicht allein, sondern es war eine kleine Gruppe von jungen, etwa gleichaltrigen, hochtalentierten, dynamischen Physiologen, die gegen die Naturphilosophie und gegen den Vitalismus d.h. die Lebenskraft als bestimmenden Faktor in der Physiologie angetreten war. Diese jungen Physiologen hatten sich "verschworen, die Wahrheit geltend zu machen, dass im Organismus keine anderen Kräfte wirksam sind, als die gemeinen physikalisch-chemischen". Sie nannten sich "organische Physiker". Carl Ludwig war der älteste von ihnen. Er war der anerkannte "Fahnenträger der Schule". Er hat ein Lehrbuch der Physiologie als Programm dieser neuen Richtung geschrieben und es seinen Freunden gewidmet. Unter diesen war Emil Du Bois-Reymond (1818-1896) der zweitälteste. Er war der große Rhetoriker und Wissenschaftspolitiker mit ausgezeichneten Beziehungen zum wissenschaftlichen und politischen Establishment in Berlin. Ernst Brücke (1819-1892) war der kritisch Distanzierte und beschäftigte sich auch mit physiologischen Problemen in der bildenden Kunst, der Malerei, der Dichtkunst. Sigmund Freud war einige Jahre bei ihm tätig. Hermann Helmholtz (1821-1894) war der jüngste dieser Guppe. Er war wohl der begabteste und vielseitig gebildetste. Er hat 1850 den Augenspiegel erfunden und sich später ganz der Physik gewidmet. Diese organischen Physiker setzten alles daran, ihre Richtung zu etablieren, und sie entwickelten eine durchschlagende Dynamik. Sie wurden alle in relativ jungem Alter auf Lehrstühle berufen, unterstützten sich dabei gegenseitig und wurden unterstützt von Johannes Müller und von Alexander von Humboldt. Sie gaben die Richtung an, die für die deutsche Physiologie bis in dieses Jahrhundert bestimmend geblieben ist.