Karl Thomas wurde zum Kriegsende in die amerikanische Besatzungszone umgesiedelt – gemeinsam mit weiteren Institutsmitarbeitern, Geräten und Forschungsunterlagen. Daher übernahm im Mai 1945 der Physiologieprofessor Walter Sulze (1879–1962) und etwas später der Assistenzarzt Horst Frunder (1919–2012) die kommissarische Institutsleitung.
Für die Nachfolge des Institutsdirektors wurde vor allem unter den Schülern von Karl Thomas gesucht. Die Wahl fiel schließlich auf Erich Strack (1897–1988), der bereits seit 1929 als Assistent von Thomas am Institut gearbeitet hatte. Strack hatte in Greifswald, Berlin und Würzburg Medizin und Chemie studiert und promoviert, so dass er die notwendigen Voraussetzungen mitbrachte, um das Fach in der geforderten Breite zu vertreten. Strack war gemeinsam mit Karl Thomas 1945 von den Alliierten nach Weilburg/Lahn verbracht worden. Er nahm das Angebot der Universität für die Institutsleitung an, konnte aber erst nach langen Verhandlungen zwischen Fakultät und alliiertem Kontrollrat zurückkehren. Zunächst hatte er ab 1948 eine Gastprofessur an der Universität Leipzig inne, bevor er schließlich das Direktorat für das Physiologisch-Chemische Institut übertragen bekam.
Strack widmete sich überaus engagiert dem Wiederaufbau des in großen Teilen zerstörten Instituts sowie der systematischen Organisation von Lehre und Forschung. So wurde zunächst der große Hörsaal in der Liebigstraße 16 errichtet. Hinzu kamen neue Kursräume für die Studenten in den Gebäudeteilen Liebigstraße 16a (Seminargebäude) und 18. Daneben wurden die Labore im Süd- und Ostteil der Liebigstraße 16 aufgestockt. Diese Bauarbeiten wurden 1955 abgeschlossen. Das Institut für Physiologie erhielt 1961 einen Neubau in der Liebigstraße 27, so dass sich die Raumsituation entspannte.
Strack knüpfte an die Arbeiten von Thomas an und entwickelte sein eigenes wissenschaftliches Profil. Ihm lagen ebenfalls ernährungswissenschaftliche Forschungen sehr am Herzen, vor allem der intermediäre Fett- und Zuckerstoffwechsel. Sein eigener Schwerpunkt waren die biogenen Amine, vor allem deren Synthese, Nachweis, Stoffwechsel und biologische Bedeutung. Ein weiterer Forschungsschwerpunkt des Instituts befasste sich mit Carnitin und dessen Derivaten, vor allem der Entwicklung von Syntheseverfahren und der biologische Wirkung des Carnitins. Diese Forschungen führten zu zahlreichen Patenten und Kooperationen mit verschiedenen Leipziger Kliniken.
Neben der Forschung bildete die Ausbildung des medizinischen und naturwissenschaftlichen Nachwuchses eine wichtige Aufgabe. Im Jahre 1962 wurden fast 800 Medizin- und Zahnmedizinstudenten, daneben 50 Pharmazie- und 20 Biologiestudenten ausgebildet. Dafür standen 5 Oberassistenten, 12 wissenschaftliche Assistenten und über 50 weitere Mitarbeiter des Instituts zur Verfügung.
Im September 1963 wurde Erich Strack emeritiert, leitete das Institut kommissarisch jedoch noch fast zwei weitere Jahre. Ihm folgte sein Schüler Wolfgang Rotzsch (1930–2008), der – ebenfalls kommissarisch – von 1965 bis 1967 das Institut führte.
Im Jahre 1967 wurde Eberhard Hofmann (*1930) von der Medizinischen Akademie Magdeburg an das Physiologisch-Chemische Institut der Leipziger Medizinischen Fakultät berufen. Zu seinen Forschungsschwerpunkten gehörte die Enzymforschung und Erforschung der Regulation des Zellstoffwechsels in Leipzig. Er und einige Mitglieder seiner Magdeburger Arbeitsgruppe, die ihm nach Leipzig folgten, etablierten zahlreiche neue Methoden wie, u. a. die analytische Ultrazentrifugation, immunologische Techniken, Reinigung von Proteinen und die mathematische Analyse und Modellierung von Subsystemen des Stoffwechsels. Hans-Joachim Böhme (1942–2016) und Gerhard Kopperschläger (*1935) entwickelten gemeinsam die molekularen Grundlagen der Affinitätschromatographie von Proteinen mittels immobilisierter Triazinfarbstoffe.
Weitere Forschungsschwerpunkte waren u. a. der Stoffwechsel isolierter Lebermitochondrien, hormonale Signalwandlungssysteme in Hepatozyten während der Ontogenese, Transportsysteme von Kationen, verschiedene Aspekte von Hefe-Phosphofruktokinasen. Im Jahre 1985 wurde das Physiologisch-Chemische Institut in Institut für Biochemie umbenannt. Des Weiteren erfolgten durch die fachlichen Ausdifferenzierungen der Biochemie im Laufe der Jahrzehnte die Ausgründungen mehrerer Abteilungen in eigenständige Institute: In der Sektion Biowissenschaften wurde 1968 der Lehrbereich für Biochemie eingerichtet, der heute das Institut für Biochemie an der Fakultät für Biowissenschaften, Pharmazie und Psychologie bildet. Dadurch wurden die Voraussetzungen für ein eigenständiges Diplom-Studium der Biochemie geschaffen.
Die Ausgründung der selbständigen Abteilung für Klinische Chemie erfolgte 1970. Diese wurde 1984 in das Institut für Klinische Chemie und Laboratoriumsdiagnostik umbenannt. Erster Leiter war Wolfgang Rotzsch (1930–2008) bis zum Jahre 1995.
Im Jahre 1980 wurde die Selbständige Abteilung für Pathologische Biochemie eingerichtet, die 1984 schließlich in das Institut für Pathologische Biochemie überführt wurde. Die Leitung übernahm Fritz Müller (*1935). Nach 1990 wurde dieses Institut wieder aufgelöst.
Großer Wert wurde auf internationale wissenschaftliche Kooperationen gelegt, u. a. mit Bratislava, Budapest, Compiègne, Darmstadt, Homburg, Lund, Madrid, Moskau, München, Umeå, Wageningen sowie Boston, Iowa und New York.