*** english version see below ***
Die Identifizierung klinisch relevanter genetischer
Varianten ist von entscheidender Bedeutung. Da die Exom-Sequenzierung
inzwischen Standard ist, benötigen diagnostische Labore aktuelle Listen bzw.
Panels von Genen, die mit seltenen Krankheiten assoziiert sind. Eine manuelle
Kuratierung ist jedoch langsam, krankheitsspezifisch und ungenau, was zu
falsch-positiven oder falsch-negativen Genen führen kann.
Wir haben das MorbidGenes-Panel auf Basis öffentlich
zugänglicher Datenbanken erstellt: OMIM, PanelApp, SysNDD, ClinVar, HGMD und
GenCC. Eine einfache Logik ermöglicht die Aufnahme von Genen mit ausreichender
Evidenz auf der Grundlage eines Abstimmungsalgorithmus. Durch die
Bereitstellung eines API-Endpunkts können die Nutzer direkt auf die Liste und
die Metadaten zu allen relevanten Informationen über die für sie interessanten
Gene zugreifen.
Das Panel umfasst mehr als 4700 Gene (www.morbidgenes.org)
mit minimal ausreichender Evidenz für die Kausalität von Krankheiten, um sie
als diagnostisch relevant einzustufen. Reproduzierbare Filterung und
Versionierung ermöglichen die Integration in diagnostische Pipelines. Durch die
interne Implementierung konnten falsch-positive Gene erfolgreich entfernt und
der Zeitaufwand in der Routine-Exom-Diagnostik sowie bei der Kuratierung
verschiedener kleinerer Panels reduziert werden. Das MorbidGenes Panel wird
monatlich aktualisiert, und wir werden regelmäßig neue Quellen integrieren.
Das MorbidGenes Panel ist ein umfassender und öffentlicher
Überblick über diagnostisch relevante Gene, der auf einer wachsenden Liste
verschiedener Quellen basiert. Es unterstützt Labore für genetische Diagnostik,
indem es monatlich diagnostisch relevante Gene in einem
qualitätsmanagementkonformen Format bereitstellt, wobei häufigere Aktualisierungen
geplant sind. Da Genome bald zum Standard gehören werden, werden zukünftig auch
diagnostisch relevante nicht-kodierende Regionen einbezogen.
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Identifying
clinically relevant genetic variants is crucial in a time of need for an ever
faster and accurate genetic diagnosis. With exome sequencing now standard,
diagnostic labs are in need of a, in principle, to-the-day-accurate list of
genes associated with rare diseases. Manual curation efforts are slow and often
disease specific, while efforts relying on single sources are too inaccurate
and may result in false-positive or false-negative genes.
We
established the MorbidGenes panel based on a list of publicly available
databases: OMIM, PanelApp, SysNDD, ClinVar, HGMD and GenCC. A simple logic
allows inclusion of genes with sufficient evidence based on a voting algorithm.
By providing an API endpoint, users can directly access the list and meta data
for all relevant information on their genes of interest.
The
panel currently includes more than 4700 genes (www.morbidgenes.org) with
minimally sufficient evidence on disease causality to classify them as
diagnostically relevant. Reproducible filtering and versioning allow the
integration into diagnostic pipelines. In-house implementation successfully
removed false positive genes and reduced time requirements in routine exome
diagnostics and curation efforts of different smaller panels. The MorbidGenes
panel is updated monthly, and we will integrate novel sources on a regular
basis.
The
MorbidGenes panel is a comprehensive and open overview of diagnostically
relevant genes based on a growing list of diverse sources. It supports genetic
diagnostics labs by providing diagnostically relevant genes in a quality
management conform format on a monthly basis, with more frequent updates
planned. As genomes are soon to be standard, diagnostically relevant non-coding
regions will have to be included.
MorbidGenes-Panel Poster
